ここのサイトからSyntaxHighlighterを入手します。

サイトの右側にdownloadがあるので押下します。

Click here to download を押下するとダウンロードできます。
特に、拘りが無ければ最新版を取得してください。 ダウンロードしたファイルはzip形式になっています。
FavDoc/SyntaxHighlighterフォルダにsyntaxhighlighter_3.0.83.zipを展開してください。
FavDoc
/FavDoc.exe ← FavDoc実行ファイル
/FavDocSite.exe ← FavDocSite実行ファイル
/readme.txt ← 解説テキスト
/FavDocSample
/Template
TemplateSample1.html ← テンプレート
/Markdown
/css ← css
/images ← 画像
/SyntaxHighlighter ← SyntaxHighlighterインストール位置
make.bat ← サンプル実行バッチファイル
makeSyntax.bat ← サンプル実行バッチファイル(SyntaxHighlighter版)
/FavDocSiteSample
/make.bat ← サンプル実行バッチファイル
/Template ← Configファイルとテンプレート
/Markdown
/css ← css
/images ← 画像
/FavDoc.md ← マニュアル(FavDoc.exe)
/FavDoc2.md ← マニュアル(FavDoc.exe)
/FavDocSite.md ← マニュアル(FavDocSite.exe)
makeSyntax.batを実行してください。
FavDoc
/FavDoc.exe ← FavDoc実行ファイル
/FavDocSite.exe ← FavDocSite実行ファイル
/readme.txt ← 解説テキスト
/FavDocSample
/Template
TemplateSample1.html ← テンプレート
/Markdown
/css ← css
/images ← 画像
/SyntaxHighlighter ← SyntaxHighlighterインストール位置
/compass ←
/scripts ←
/src ← このような構成になるように展開してください。
/styles ←
/tests ←
/LGPL-LICENSE ←
/MIT-LICENSE ←
make.bat ← サンプル実行バッチファイル
makeSyntax.bat ← サンプル実行バッチファイル(SyntaxHighlighter版)
/FavDocSiteSample
/make.bat ← サンプル実行バッチファイル
/Template ← Configファイルとテンプレート
/Markdown
/css ← css
/images ← 画像
/FavDoc.md ← マニュアル(FavDoc.exe)
/FavDoc2.md ← マニュアル(FavDoc.exe)
/FavDocSite.md ← マニュアル(FavDocSite.exe)
マニュアルのhtmlファイルが作成されます。